Phong cảnh của Đông Malaysia chủ yếu là rừng mưa nhiệt đới cả trên những vùng đất thấp và vùng cao. Diện tích của Đông Malaysia là 201.000 km², chiếm xấp xỉ 61% diện tích của toàn Malaysia[3] và 27% diện tích toàn đảo Borneo.

Đông Malaysia có 5 ngọn núi cao nhất tại Malaysia, cao nhất là Núi Kinabulu với 4.095 mét, đây cùng là núi cao nhất Borneo và là đỉnh cao thứ 10 tại Đông Nam Á. Khu vực cũng có 2 dòng sông dài nhất nước là sông Rajang và sông Kinabatangan[4]

Đảo Banggi ở Sabah và Đảo Betruit ở Sarawak là hai đảo lớn nhất có toàn bộ chủ quyền thuộc Malaysia. Đảo lớn nhất Malaysia là Borneo nhưng phải chia sẻ chủ quyền với Indonesia và Brunei, hòn đảo lớn thứ hai Malaysia là đảo Sebatik tại Sabah và đảo này cũng phải chia sẻ chủ quyền với Indonesia[5][6]

Đáng lưu ý là Sarawak có hệ thống hang động Mulu thuộc Công viên Quốc gia Gurung Mulu. Nơi đây vốn có hang lớn nhất thế giới và Công viên Quốc gia Mulu đã được công nhận là Di sản Thế giới vào tháng 11 năm 2000[7] Sabah cũng có một Di sản Thế giới là Công viên Quốc gia Kinabulu, nơi có ngon núi Kinabulu.[8]